Sesi kedua di Motegi dimulai dengan Matahari yang bersinar namun suhu yang tidak naik. Francesco Bagnaia, yang memimpin Free Practice 1 untuk pertama kalinya, mengalami sedikit masalah di awal sesi ini. Marc Marquez juga tidak dalam performa terbaiknya, sementara Jorge Martín terjatuh. Sejumlah pembalap lain seperti Alex Marquez dan Jack Miller juga mengalami kecelakaan di sesi tersebut.
Pada pertengahan sesi, beberapa pembalap menggunakan ban soft untuk meningkatkan performa. Kendati demikian, Bagnaia masih belum masuk 10 besar dan Martín mengalami kecelakaan kedua kali ini. Pedro Acosta, Luca Marini, dan Marco Bezzecchi menjadi di antara pembalap yang menonjol dalam sesi tersebut.
Seiring berakhirnya sesi, pertarungan semakin sengit dengan beberapa pembalap memperebutkan posisi tiga teratas. Marc Marquez berhasil memperbaiki posisinya yang sempat turun, sementara Quartararo dan Zarco berhasil masuk Q2. Di sisi lain, Quartararo dan beberapa pembalap lain harus berjuang di Q1 untuk mengejar posisi terbaik mereka. Dengan demikian, hasil Practice MotoGP GP Jepang menciptakan antusiasme dan persaingan yang seru di lintasan.
