Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang dibatasi tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas top Amerika, meskipun pencapaiannya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, karena perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, selama waktu ini, Prabowo merupakan satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
